Graphviz の実行 - ぷちWiki

例えば、dot 言語で記述したファイルを xxx.dot とした場合、以下のように実行すると png 画像形式で標準出力に出力します。

 % dot -Tpng xxx.dot

上記の形式で何かのファイルにリダイレクトしてもよいのですが、-o で出力ファイル名を指定することも出来ます。
なお、dot ファイルについては、Graphviz：作成例を参照。
さらに、検証用？に dot 言語の記述内容を Graphviz に流し込み、画像を表示するだけの CGI を作成しました。
Graphviz サンプル

フォントについて

dot ファイル内で fontname でフォントを指定した場合に、例えば以下のようなエラーが出力されることがあります。

 fontname: "Kochi Gothic" resolved to: [internal times]

これは指定したフォント名（上記では Kochi Gothic）が見つからなかった場合に表示されます。
この場合には、フォントの設定もしくはフォントを追加する必要があります。
この辺の話については、Linux 系 OS へのフォントの登録を参照ください。